İki ülke arasındaki diplomatik ilişkiler 26.01.1925 tarihli "Türkiye Cumhuriyeti ile Danimarka Kraliyeti Arasında Münakit Muhadenet Muahedesi" ile tesis olunmuştur.

Misyonun faaliyete hangi tarihte başladığı ile ilgili kesin bilgi mevcut değildir. Ancak demirbaş kayıtları 1939 yılına dek uzanmaktadır. Misyona ilk Büyükelçi 1960 yılında atanmıştır. Üç adet resmi bina (Kançılarya, konsolosluk ve ikametgah) mevcuttur. İkametgah binası 1952'de, Konsolosluk binası 1975'de, Kançılarya binası 1991'de satın alınmıştır.

Büyükelçilik tarihindeki önemli olaylar:
 
2 Nisan 1981- Büyükelçilik Çalışma Ataşesi Cavit Demir Ermeni terör örgütü ASALA tarafından uğradığı silahlı saldırı sonucu ağır yaralanmıştır.